بدأت أشغال إعادة البناء في الرابع عشر من تموز سنة 1994. وفي الرابع عشر من أيلول، في عيد رفع الصليب الكريم المحيي، من السنة اليوبيليّة 2000 أصدرَ سيادته مرسوم قيام الدير الجديد القانوني. مقرراً أن يكون ديراً أسقفيّاً بحسب تقاليد الأديار الشرقيّة. كما أصدرَ كذلكَ مرسوم تأسيس رهبنة جديدة ذات مرجع أبرشي، تحت اسم راهبات الوحدة الأنطاكيّة مقرّراً أن يكون دير ما ر يعقوب الدير الأمّ لهذه الرهبنة.
وتركّزت حياة الجماعة بسرعة وبدأت الدعوات تأتي. وعلى رغم عددهنّ القليل برزت ظاهرةٌ وهي أنّ الراهبات والطالبات يأتينَ من مجتمعات كنسيّة متعدّدة: من الكنيسة الملكيّة الكاثوليكيّة، والكنيسة المارونيّة، والأرمنيّة واللاتينيّة وحتى من الحبشة.
إنّها قصّةُ حبٍ قد بدأت. وبينَ جوانبِ ما أُعيدَ بناؤه من الحجارة، ها هي ذي قلوبٌ تسيرُ على خطى المسيح وترغبُ أن تذوبَ غيرةً على بيت الله الذي هو الكنيسة، وبخاصّة كنيسة أنطاكية، وهي الكنيسة المكانيّة. ومن هنا شعارُ الرهبنة الحديثة العهد وهو آية المزمور التي يطبّقها يوحنّا في إنجيله، على يسوع: "غيرة بيتكَ تأكلني".
----------------------------------------------

نمط الحياة في دير مار يعقوب المقطّع

تعيش الراهبات حياةً رهبانيّة جماعيّة وفقاً للتقليد الشرقي، مع تركيز مميّز على الطابع النسكي الذي يتجسّد في الواقع بخلوةٍ يوميّة لمدّة ساعتين تقضيها الراهبة منفردةً في قلاّيتها.
الصلاة هي محور الحياة الروحيّة: الليتورجيا الإلهيّة، صلاة الخورص، المطالعة الروحيّة.
الحياة المشتركة هي المحور الآخر لبلوغ النمو في المحبّة والتواضع. وللعملِ أخيراً، أهميّة أوليّة، سواء أكانَ عملاً يدويّاً فنيّاً، أو عملاً مرتبطاً مباشرةً بالله وهادفاً إلى تكوين الذات على صورته. وكلّ شيء يهدفُ إلى إبراز جمال وجه الكنيسة. وفي حياة الدير حيّزٌ من الوقت لاستقبال الأفراد أو المجموعات الراغبينَ في عودةٍ إلى مناهل الروح، ليجدّدوا حياتهم من خلال رياضةٍ روحيّة أو مجرّد مشاركةٍ مع الراهبات في الصلاة. وقد أُفرزَ في الدير جناحٌ خاص لمثل هؤلاء، بعيداً عن حصن الراهبات  لكي لا تَتَشوَّش عندهنَّ حياة الخلوة والصلاة.

الثوابت التأسيسية

يُنشئُ المرسوم الأسقفي في آنٍ معاً ديراً رهبانيّاً توحّدياً وجماعة رهبانيّة نسائيّة تحملُ اسم: "راهبات الوحدة الأنطاكيّة". غايتها الأولى: "خدمة الوحدة بين الكنائس البطريركيّة الأنطاكيّة، بإنعاش التراث الثقافي الأنطاكي المشترك على الصعيد الروحي، واللاهوتي والآبائي والليتورجي والفنّي ".

الأهداف الخاصّة للرهبانيّة الجديدة
الانخراط في جسم الكنيسة المكانيّة، أي أنطاكية، كنيسة الله العظمى، للتكرّس في خدمة الوحدة الأنطاكيّة بالصلاة والعمل.
الولاء البنوي لبطاركة أنطاكية، لا سيّما لبطريرك كنيستنا الروميّة الملكيّة الكاثوليكيّة من ضمن الشركة مع الحبر الروماني، ومن ثمّ الانطلاق نحو الآفاق المسكونيّة والانفتاح بالمحبّة على سائر الكنائس والأديان.
العودة إلى جذور الحياة الرهبانيّة الشرقيّة، لا سيّما إلى طريق الاتّحاد بالله من خلال صلاة الخورص.
نشر كلمة الحياة، وتعاليم الآباء، دونَ انعكاسٍ سلبي على أجواء الصلاة وحضور الله.
مساعدة الإنسان المعاصر، ولا سيّما جيلُ الشباب على بناء إنسانيّته على صخرة الحياة الروحيّة.
المساهمة في الحفاظ على تراث الكنائس الأنطاكيّة والعمل على بناء ثقافةٍ إنسانيّة تنطلقُ من الإنجيل على غرار الأديار القديمة التي استطاعت أن تحافظَ على القيم الحضاريّة وتنقلها إلى البشريّة كلّها.
استقبال الحجاج والمتريّضين دون المساس بحرمة الحياة الرهبانيّة.
الحرص الشديد على حَرَم الحصن الديري. حفاظاً على سكينة أرجاء الدير، وعلى الصمت والخلوة، إذ عليهما يقوم مناخ الصلاة.

نشاطات الراهبات

الأعمال المنزليّة في الدير.
أعمال زراعيّة.
صنع الحلل الليتورجيّة
محْتَرَف رسم وترميم الأيقونات البيزنطيّة والسريانيّة والأرمنيّة.
الرسوم الجدرانيّة: عاديّة، أوعلى الطري ( fresque)  
محْتَرَف تجليد الكتب
محْتَرَف تصنيع بيوت كرتونيّة لحفظ المخطوطات القديمة.
محْتَرَف قوالب لصنع الشخوص والمجسّمات moulage) )
دورات تدريبيّة لترميم الموجودات التراثيّة.
المرافقة الروحيّة
استقبال المتريّضين
المساهمة في عمل التعليم المسيحي وبرامج نقل البشارة المسيحيّة عبر وسائل الإعلام السمعيّة والبصريّة
استخدام التقنيّة المعلوماتيّة لصالح خدمة البشارة.